楚雄州妇幼保健院儿童保健部，成立于1978年，下设儿科(新生儿科)病区、疾病门诊、体检门诊、儿童康复门诊、中彝医门诊、中医推拿室、口腔科、眼保健科、婴儿游泳室、儿童早教中心等。2019年曾与南华县妇幼保健院儿科建立专科联盟。
儿童保健部共有医护人员63名，副主任医师3人，主治医师7人，住院医师15人，助理医师2人，主管护师6人，护师26人，护士2人。科室人员大多数到上海儿童医学中心、南京儿童医院、重庆儿童医院、昆明医科大学第一附属医院、昆华医院、昆明市儿童医院、昆明市妇幼保健院等省内外三级医院进修学习。
目前住院病区开放床位40张,设有儿科普通病房（15张）、新生儿病房（21张）和新生儿重症监护室（4张）。病区共有医护人员29人，其中医疗7人（副主任医师1人，中职3人，初职3人）,护理22人（主管护师5人，护师15人，护士2人）。科室拥有有创和无创呼吸机、新生儿暖箱、心电监护仪、新生儿蓝光治疗仪、血气分析仪、婴儿氧舱、耳声发射检查仪、双目视力筛查仪、骨密度检测仪等设备。能对新生儿窒息、新生儿肺炎、新生儿高胆红素血症、早产儿、低出生体重儿、足月小样儿等新生儿疾病及儿童呼吸道、消化道等常见多发病进行有效诊治，开展新生儿遗传代谢病、听力筛查、先天性心脏病筛查和婴儿高压氧治疗。
儿童保健部门诊开展儿童内科疾病常规诊疗、儿童体检、五官保健和预防接种。其中儿童体检门诊有专业技术人员7人，开展的主要服务有儿童常规体检与养育指导、儿童神经系统测评、入园入学体检、儿童饮食营养指导、儿童骨龄测定与评价、儿童智能测评、儿童骨密度测定、视力检测、微量元素检测、维生素D检测等服务。儿童早教中心开展0-3岁婴幼儿早教亲子课程、10岁以下儿童感觉统合训练、情景训练、多媒体功能、抽象（形象）四维训练等。
儿童康复门诊自2019年开诊，目前配有康复医师1名，康复治疗师4名。门诊配备有经颅磁治疗仪、肌兴奋治疗仪、吞咽神经肌肉电刺激治疗仪等仪器。目前开展了运动疗法、作业治疗、感觉统合治疗、康复推拿、悬吊治疗、语言治疗、高压氧、高危儿指导等康复项目，治疗病种有脑性瘫痪、中枢性协调障碍、精神运动发育迟滞、缺血缺氧性脑病恢复期/后遗症期、感觉统合失调、孤独症、脑外伤恢复期等疾病。同时，对早产儿、新生儿窒息、核黄疸、发育偏离、言语发育障碍等高危因素儿童进行早期筛查、早期干预。
